Gebze'deki Çoban Mustafa Camii, 14. yüzyılda inşa edilmiş ve Osmanlı döneminin önemli yapılarından biri olarak öne çıkmaktadır. Cami, bölgenin tanınmış simalarından Çoban Mustafa Bey'in adını taşımaktadır. Osmanlı'nın erken dönem mimarisini yansıtan bu yapı, özellikle taş işçiliği ile dikkat çekmektedir. İç mekanındaki zarif süslemeler ve mimari detaylar, camiyi Gebze'nin tarihî ve kültürel mirası açısından değerli kılmaktadır.
Çoban Mustafa Paşa, Bosna kökenli bir şahsiyettir. Genç yaşta çobanlık yaparken Sultan Yavuz Selim'in Mısır Seferi'ne katılır ve sonrasında Piri Mehmet Paşa'nın himayesine girer. Zamanla çeşitli görevlerde bulunarak Kapıcıbaşı ve Rumeli Beylerbeyi unvanlarını alır. Yavuz Sultan Selim'in kızıyla evlenerek padişahın damadı olur.
Kanuni Sultan Süleyman döneminde vezirlik görevini üstlenen Çoban Mustafa Paşa, 1529 yılında İstanbul'da vefat eder. Kendi adına yaptırdığı Gebze'deki külliyede, caminin kıble tarafında bulunan türbesine defnedilmiştir.
Cami, külliyenin merkezinde ve Gebze'ye hakim bir konumda yer almaktadır. 1510 yılında Çoban Mustafa Paşa tarafından inşa ettirilmiştir. Külliyenin yapımının önceden planlandığı ve anonim bir çalışma ile gerçekleştirildiği anlaşılmaktadır. Mustafa Paşa, Mısır'a vali olarak atandığında caminin inşasının devam ettiği bilinmektedir. Mısır bezemelerinden etkilenerek, camisi için taşınabilir süsleme öğelerini Kahire'de yaptırmış ve bu öğeler Darıca iskelesinden Gebze'ye ulaştırılarak Mısırlı ustalar tarafından yerleştirilmiştir.
Cami, kare planlı olup, dört sütunun taşıdığı 24 metre yüksekliğindeki geniş bir kubbe ile örtülüdür. Duvarları, taş zemin üzerine kesme taş ve muntazam tuğlalarla inşa edilmiştir. Ayrıca caminin çevresi 2.5 metre yüksekliğinde kalın duvarlarla çevrilidir. Her cephesinde birer tane olmak üzere toplam dört giriş kapısı bulunmaktadır. Mihrap ve duvarları, kufi yazılarla süslenmiş ve renk düzeni görkemli Türk çinileriyle zenginleştirilmiştir.
Bazı araştırmacılar, bu ihtişamlı caminin de bulunduğu külliyenin planının Mimar Sinan tarafından çizildiğini ve inşasının baş kalfası Hüseyin Ağa tarafından gerçekleştirildiğini öne sürmektedir. Çoban Mustafa Paşa Külliyesi, cami, medrese, bimarhane, kütüphane, han, hamam, kervansaray, paşa odaları, tekke, arşiv, tuvalet, su kuyusu, şadırvan ve bir türbeden oluşmaktadır.